Terdapat pebedaan antara Istna Asy’ariyah dan syi’ah Ismailiyn. Menurut Syi’ah Istna Asy’ariyah tahta imam setelah Ja’far Shodiq akan diteruskan oleh putranya Musa al-kazim (Imam Ke-7) sampai kepada keturunannya, sedangkan Isma’il putra sulung dari ja’far shodiq oelh Syia’ah Istna Asy’ariyah tidak diakui sebagai imam Syi’ah penerus dari Ja’far shodiq (Imam Ke-6), karena Isma’il adalah seorang pemabuk, sedangkan ja’far shodiq selaku ayahnya adalah seorang yang sangat wara’, alim, dan shalih tidak mungkin ia akan mewasiatkan keimaman syi’ah.
Akan tetapi pernyataan tersebut ditolak oleh para pengikut Syi’ah isma’il, kalangan ini menyatakan bahwa isma’il tetap dinobatkan sebagai penerus ja’far shodiq, karena isma’il adalah orang yang Ma’sum( lepas dari k esalahan dan dosa).
Ada perbedaan pendapat tentang kematian Isma’il. Dikatakan Ja’far shodiq mempersaksikan dikalangan masyarakat umum, bahwa Putranya isma’il putra sulungnya telah meninggal dunia. Pada saat itu ja’far shodiq menghadirkan Manshur Dawaniq selaku penguasa Bani Abbasyiah.
Dari pernyataan tersebut timbul beberapa perbedaan pendapat yang mengundang perpepacahan dikalangan syi’ah Isma’iliyah. Sebagai kalangan Syiah Isma’iliyah menyatakan bahwa ismail meninggal setelah ja’far Shadiq akan tetapi ia bersembunyi karena khawatir penguasa akan membunuhnya. Dibalik itu ada kalangan yang menyatakan bahwa ia memang menghilang, dan akan muncul nanti sebagai menjelang hari akhir sebagai imam mahdi yang akan menegakkan keadilan dan kebatilan. Dari kedua perbedaan tersebut syi’ah ismailiyah terpecah menjadi dua golongan Qaramithah.
dinisbahkan kepada Hamdan ibn Qatmath yang terbentuk menjelang akhir abad ketiga hijriah. Mereka muncul pertama kali di Bahrain dan Syam setelah melakukan pemberontakan terhadap Imam Ismailiyyah dan merampok harta kekayaannya. Imam yang diberontak kemudian melarikan diri dari Salmiyyah, Suriah, ke negeri Transoxiana karena takut akan kekejaman orang-orang Qaramithah.
Ismailiyyah Assasin Mereka adalah Ismailiyyah keturunan Nizzar di Syam, Persia, dan negara-negara sebelah timurnya. Ketika Nizzar dilarang naik tahta di Mesir, seorang Persia yang bernama Hasan Shabah memprotes Imam Mustanshir. Karena kecewa melihat perpecahan tersebut, lalu ia kembali ke Persia menyeru kepada imam yang tersembunyi. Kemudian, ia menguasai benteng "Maut" tahun 483 H dan mendirikan negara Ismailiyyah dinasti Nizzari bagian timur. Mereka inilah yang kemudian dikenal dengan kelompok Assasin dikarenakan mereka terkenal mengisap hasis.
Druz atau Hakimiy, yang masih mengakui terus imamah anak-anak dan keturunan Muhammad ibn Isma’il (Imam ketujuh mereka). Dalam perkembangan selanjutnya, golongan inipun terpecah lagi menjadi dua kelompok, sebagai akibat perselisihan mereka dalam masalah imamah. Selama tujuh generasi, imamah Dinasti Fatimiyah di Mesir ini berlangsung dengan mulus tanpa ada pertentangan. Namun, setelah imam ketuju, al-Muntashir Billah, putra-putranya. Nazir dan Musta’liy, mempertengkarkan masalah imamah. Setelah terjadi pertempuran, Musta’liy menang dan menangkap kakaknya. Nazir, untuk selanjutnya dipenjarakan hingga wafat.
Setelah peristiwa ini, maka mereka terpecah menjadi dua kelompok lagi, yakni kelompok Naziriyah yang merupakan pengikut al-Hasan ibn Muhammad al-Shabbah, seorang pembantu dekat al-Muntashir Billah. Karena dukungannya terhadap Nizar, maka dia diusir dari Mesir oleh Musta’liy. Kemudian, dia pergi ke Persia dan akhirnya disama mendirikan kekuasaannya dan mengajak masyarakat masih ada di Bombay India, dan mereka disebut dengan pengikut Agha Khan.
Kelompok lainnya adalah pengikut Musta’liy yang dikenal dengan nama kelompok Musta’liyah. Imamah mereka berlangsung selama kekuasaan Dinasti Fatimiyah di Mesir sampai berakhir tahun 567 H./1171 M. Pengikut kelompok ini masih ada sampai sekarang di India dan Yaman.
